井戸水に混入していそうな主な成分として、大腸菌や塩化イオン、鉄、マンガン、窒素などの成分があります。
大腸菌は、ヒトや動物の糞便に多く生息し、大部分は非病原性の菌です。しかし、一部には下痢などを起こす原因となる大腸菌がいます。
水質検査などで大腸菌が見つかった場合、 ヒトや家畜、野生の動物、鳥などの糞便で汚染された可能性が高いと言えます。
塩素（塩）が基準値より含まれていると塩の味することもあります。
塩素の水道の基準は200㎎／リットル以下とされています。
地域の環境によっては、塩素の量は、平常値が大体決まっており、井戸水に汚水や人畜、家畜のし尿が混ざると、平常値より多くの塩素イオンが検出される場合があります。
鉄やマンガンは、地殻の中に広く分布しており、地下水の中にも比較的多く含まれていることがあります。鉄、マンガンが多いと水に味があり、洗濯物が黄ばむ、白い陶器が茶色っぽくなることがあります。
鉄、マンガンとも水道の基準は0.3㎎／リットル以下とされています。
カルシウムやマグネシウムは土の中にも含まれており、その土を通って井戸水となった水は、カルシウムやマグネシウムなどの成分が多くなります。
カルシウムやマグネシウムの量を表したものを硬度といい、10～100 ㎎／リットルくらいの硬度がおいしい水と言えます。
硬度が高いと｢洗濯物の汚れが落ちにくい」｢石けんの泡があまりたたない」「水が沸騰するまで時間が長い」「ボイラーなどの機器がすぐ壊れる」などの現象がおきます。また、中国に旅行へ行き、水で下痢を起こす原因として水の高度が高いからという話は有名な話です。
カルシウム・マグネシウムなどの水道の基準は300㎎／リットル以下とされています。
有機物の窒素系は、長い時間をかけて亜硝酸性窒素・硝酸性窒素に変化します。亜硝酸性窒素・硝酸性窒素が多く含まれていた場合、生活排水や人畜、家畜のし尿による汚染よる可能性があります。
亜硝性態窒素・硝酸性窒素の水道の基準は、硝酸性窒素・亜硝性態窒素の合計値が１０㎎／リットル以下とされています。
トリクロロエチレン、テトラクロロエチレン、四塩化炭素などの有機塩素化合物は、工場などで洗浄のため使われており、洗浄した水がそのまま、地下に流れ、井戸水の汚染する原因の1つとされています。
有機塩素化合物は、人工的に作ったもので分解しされにくく、地下水が汚染されると、元の井戸水として飲めるまでにかなりの時間を要します。特に、トリクロロエチレン、テトラクロロエチレン、および四塩化炭素は、発ガン性の疑いがあり、近くに工場がある場合は一度、水質検査をすることをおすすめします。
地域によってさまざまですが、地下水の水質は年々悪くなる傾向にあります。今は水質に問題がない場合でも、汚染されるおそれもあります。定期検査をおすすめします。